Tunneling TinyTinyRSS traffic through a Proxy

TinyTinyRSS (TT-RSS) is something like the Google reader wanted to be and Feedly still wants to be. Just better! :)

TT-RSS screenshot
Screenshot of TinyTinyRSS

TT-RSS is a free and open source feed aggregator, which can be deployed to your own machine. For example, my instance is running on a cubieboard in my living room. Thus, I’m independent of any company and their plans with my data :)

However, I didn’t want to advertise TT-RSS too much, but I wanted to tell you how you can fetch your feeds through a proxy, such as polipo or squid.

Configuring TT-RSS to use a Proxy

It’s apparently undocumented, but looking into the code:

$ grep -rn PROXY *
include/functions2.php:2257:            if (defined('_CURL_HTTP_PROXY')) {
include/functions2.php:2258:                    curl_setopt($curl, CURLOPT_PROXY, _CURL_HTTP_PROXY);
include/functions.php:389:                      if (defined('_CURL_HTTP_PROXY')) {
include/functions.php:390:                              curl_setopt($ch, CURLOPT_PROXY, _CURL_HTTP_PROXY);
plugins/af_unburn/init.php:41:                          if (defined('_CURL_HTTP_PROXY')) {
plugins/af_unburn/init.php:42:                                  curl_setopt($ch, CURLOPT_PROXY, _CURL_HTTP_PROXY);

feeds are fetched using curl. And as you can see, the code already supports the usage of a proxy: if (defined('_CURL_HTTP_PROXY')).

I think that might be very interesting to many of you guys and I’m not sure why it is not documented. However, you can simply define the variable _CURL_HTTP_PROXY in your config.php file. For example, to use a proxy at 127.0.0.1:8123 add the following:

define ('_CURL_HTTP_PROXY', '127.0.0.1:8123');

Now, the TT-RSS traffic will go through the proxy at :8123, which might tunnel everything through, e.g., TOR. Thus, the location of your living room will not be disclosed :)

BONUS: Cache all the Images in Feeds

By default, TT-RSS will not cache the images in feeds. That means, if there is an image in an article, you get redirected to load the image from the foreign server. That’s obviously something I’d like to avoid, especially because there are plenty of ads or tracking pixels which shouldn’t know about my surf habits and times. But there is an alternative: TT-RSS is able to cache images. It will download the images to your machine and send you the cached versions instead of sending you to somewhere else.

Unfortunately, that is not the default. If you want that functionality you need to configure every single feed (Edit FeedOptionsCache images locally). And you must not forget to do so for every new feed that will be added in 15 months…

To avoid that you can simply open the database that TT-RSS is using (e.g. using phpMyAdmin), go to the table ttrss_feeds and modify the default value of the column cache_images from 0 to 1. If that is done, the images of every new feed will be cached by default.

If you’re too lazy to manually update the feeds that are already there you can simply run the following SQL query:

UPDATE `ttrss_feeds` SET `cache_images`=1 WHERE 1

Air Pollution makes Babies skinnier

Rich et. al. 2015
Differences in Birth Weight Associated with the 2008 Beijing Olympic Air Pollution Reduction: Results from a Natural Experiment

China radically reduced the air pollution in preparation of the Olympics in 2008 in Beijing. The authors of the publication Differences in Birth Weight Associated with the 2008 Beijing Olympic Air Pollution Reduction: Results from a Natural Experiment [Rich2015a] studied its affect on the weights of newborns. They evaluated how specific months of pregnancy with less air pollution correlate to the birth weights, compared to pregnancies during the same dates in 2007 or 2009. The records were created and maintained by the Beijing Obstetrics and Gynecology Hospital and for the study they just included singleton live births of infants who were 28 completed weeks of gestation or greater in one of four adjacent Beijing districts at the time of birth, which is a sample size of 140,298.

And indeed, they found a correlation:

Babies with their 8th month of pregnancy during the 2008 Olympics were, on average, 23g larger

Interestingly, there was apparently no correlation for months 1-7 of pregnancy!?

References

Organic Plastic

I guess I do not need to tell you anything about the problems with plastics. There is too much of our durable and water-insoluble waste, which is resistant to most natural processes of degradation. To increase our awareness of the amount of plastic we produce in our daily routines we tried to abstain from producing plastic waste during the last Lent. Wasn’t that easy, as you can probably imagine.

As soon as you try to avoid plastic it seems like everything is made of these organic polymers. I’m not talking about the plastic bags that you receive in supermarkets en passant, or the wrappings around frozen pizzas – those are luxuries and almost easy to avoid. But you will have a hard time to get cheese and meat, as they are almost always wrapped in plastic. Milk is then only available from bottles (significantly increasing the weight of your bag); fruits and vegetables are difficult to get – especially organic food: sellers seem to make sure organic food isn’t mixed with non-organic food and therefore apples, for instance, are neatly wrapped in plastic, often just four at a time. I think avoiding plastic is a superset of avoiding supermarkets, as there is almost nothing plastic-free you can buy at supermarkets. Thus, local marketplaces are the last resort. There you can bring own vessels to get them filled by the sellers.

However, that was just the easy part. For some things we did not find a good solution and we simply had to abstain from them or we needed to cheat (which really made us feel bad!):

  • Do you know these tiny plastic things that help you open wine bottles? -> Go for other brands with a screw-cap, for example.
  • Do you know Nutella? -> cap is plastic.
  • All the bathroom stuff. Soap or shower gel for example. You probably need to create your own brands.
  • Handkerchiefs? They always come in plastic wrappings. Only alternatives are these old-fashioned cotton made handkerchiefs. Not very hygienic in my eyes..
  • Same for toilet paper: always in plastic wrappings. I do not have a solution..
  • No IKEA, no Amazon, no non-local stuff in general.

Ah, and did i say no take-away? It is not allowed to go and get some Chinese food or a kebab, as that usually involves buying plastic. So… yes.. it’s been a hard time.

All the more I am happy that this issues already arrived at the higher layers and there are efforts to produce organic plastic, which is bio-degradable and made from renewable resources, such as starch, lignocellulose, or polylactic acid. For example, bottles from organic materials, some supermarkets already offer organic bags, and quite a bit of research is going on, e.g. the Fraunhofer Institute for Applied Polymer Research develops organic based foils and coatings that realise sophisticated barriers.

However, the bridge from the lab to the industry is of course challenging. We put high requirements on our products, especially in case of groceries. We do not want to see chemicals from the wrappings passing over to our food and, the other way around, flavours of our food shouldn’t leave the wrappings (just think of coffee!). There are other but equally high requirements for products in medicine and cosmetics.

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Those who sleep longer die earlier.

Neurology-2015-Leng-1072-9.pdf
Sleep duration and risk of fatal and nonfatal stroke: A prospective study and meta-analysis

At least the risk for a stroke increases, according to a publication by Leng et al. in Neurology, 2015: Sleep duration and risk of fatal and nonfatal stroke: A prospective study and meta-analysis [Leng2015]. They studied the association between sleep duration and stroke incidence in a British population.

More than 9k study participants were asked about their habits of sleeping, afterwards the authors of the study recorded who of them had a stroke, for about 9 years.
This study showed, that participants who sleep more than 8 hours a day are 46% more likely to get a stroke than those who sleep 6-8 hours:

Those with short sleep had an 18% increased stroke risk (not statistically significant), while long sleep was associated with a 46% increase in stroke risk after adjustment for conventional cardiovascular disease (CVD) risk factors and comorbidities.

It’s not yet clear whether there is a causal connection or just a correlation, but I found that potentially interesting. Is a longer sleep already a sign for a bad health condition? Even worse, is sleep a reason for a stroke?

Also read: Is sleep duration a risk factor for stroke? [Ramos2015]

References

Research funding opportunities

Since I am a researcher I need to be aware and up-to-date with funding opportunities. They increase your sovereignty and improve your working conditions. And as there is so much information you need to keep in mind I decided to collect them (which are somehow relevant for me) in a tiny article. Maybe some of you might also benefit from it.

Local

University of Rostock

Graduate Academy

The Graduate Academy provides funding for advanced trainings of young scientists. It focuses on PhD students, but PostDocs are also welcome. Applying is very easy, they do not reject anyone. You just need a collaboration agreement with your supervisor, which is useful anyway. The Academy funds about €500 per year and offers lot’s of training courses.

HERMES

The HERMES program will fund you if you want to stay abroad. It’s purpose is to establish new collaborations and develop a grant proposal with the

Center for Project Conception & Project Management

The Center for Project Conception & Project Management supports scientists with preparation and submission of third-party fund proposals. They also have a very good newsletter which keep you up-to-date with latest funding opportunities.

ELFI

ELFI (ELektronische ForschungsförderInformationen) provides information on funding opportunities for students, scientists and consultants all over the German-speaking area. It’s a local database with a search interface.

Germany

Federal Funding Bodies

DFG

The German Research Foundation (DFG) funds research projects in Germany

BMBF

The Federal Ministry of Education and Research (BMBF) supports innovative projects and ideas in research through targeted funding programs

MV

Funding by the federal state Mecklenburg-Vorpommern.

Foundations & Associations

DAAD

The German Academic Exchange Service (DAAD) promotes international relations of German universities through exchange of students and scientists, and through international programs and projects. The also maintain a huge database with job offers and open PhD positions etc.

AvH

The Alexander von Humboldt Foundation (AvH) promotef academic cooperation between excellent scientists and scholars from abroad and from Germany.

Auslandsaufenthalte deutscher WissenschaftlerInnen und Aufenthalte in Deutschland für ausländische ForscherInnen

Volkswagen Foundation

The Volkswagen Foundation is an independent, non-profit organization and has been funding research projects in all disciplines. Within the framework of changing funding initiatives, the foundation provides impetus for the development of research and higher education. Biggest scientific stiftung in Germany.

Anschubfinanzierung, Förderung von eigenen Stellen, Forschungsprojekten, Symposien und Fellowships bei allen Disziplinen

Einstein Forum

The Einstein Forum supports mainly inter-disciplinary engagement outside of usual work.

Stifterverband für die deutsche Wissenschaft e.V.

The Stifterverband promotes science and education. It’s “a business community initiative advocating long-term improvement of the German education and research landscape.”

Deutscher Bildungsserver

The Deutscher Bildungsserver collects funding opportunities.

Förderdatenbank

The Förderdatenbank is a database that guides you through different programs.

Stipendienlotse

The Stipendienlotse gives an overview over fellowships.

myStipendium

myStipendium lists some options for fellowships. You need to be registered -.-

The German-American Fulbright Commission

The German-American Fulbright Commission: go to the US or come to Germany

Rhodes

Rhodes funds studies in Oxford.

Spiegel Stipendien Database

The SPIEGEL collected some fellowships.

Other Foundations

Awards

  • Karl Heinz Beckurts-Preis: Preis der Karl Heinz Beckurts-Stiftung für herausragende wissenschaftliche und technische Leistungen, von denen erkennbare und von den Preisträgern geförderte Impulse für industrielle Innovationen in Deutschland ausgehen jährlich
  • LUDWIG-BÖLKOW-Technologiepreis / LUDWIG-BÖLKOW-Nachwuchspreis: Förderpreise des Landes M-V und der Industrie- und Handelskammern des Landes M-V mit Unterstützung durch die Technologiezentren des Landes für Produkt- und Verfahrensinnovationen sowie innovative technologische Dienstleistungen jährlich
  • Vodafone Förderpreis: 2 Förderpreise der Vodafone-Stiftung für Forschung für überdurchschnittliche Arbeiten (außergewöhnlich herausragende Abschlussarbeiten oder Promotionen) mit den Schwerpunkten Natur-/Ingenieurwissenschaften oder Markt-/ Kundenorientierung jährlich
  • Innovation Award Laser Technology: The Innovation Award addresses laser manufacturers, laser users and researchers, who have successfully conceived and implemented an innovative idea relating to laser technology, following the project through from application oriented research to ultimate industrial application. alle 2 Jahre
  • Kaiser-Friedrich-Forschungspreis: Der Kaiser-Friedrich-Forschungspreis (KFFP) möchte Entwicklungen der Optischen Technologien zu einer leistungsfähigen Zukunftstechnologie gezielt unterstützen. Er wird von der Firma Stöbich Brandschutz alle 2 Jahre unter einem besonderen Schwerpunktthema der Optischen Technologien an deutsche Wissenschaftler oder Forschungsgruppen vergeben. alle 2 Jahre
  • Friedmund Neumann Preis: Förderpreis der Schering Stiftung Berlin für junge NachwuchswissenschaftlerInnen, die herausragende Forschungsarbeiten auf den Gebieten der biologischen, chemischen und medizinischen Grundlagenforschung vorweisen jährlich
  • UMSICHT-Wissenschaftspreis: Förderung von hervorragende Arbeiten in den Bereichen Umwelt-, Sicherheits- und Energietechnik jährlich
  • Erwin Schrödinger-Preis: Wissenschaftspreis des Stifterverbandes, vergeben durch die Hermann von Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Forschungszentren, zeichnet herausragende wissenschaftliche oder technisch innovative Leistungen aus, die in Grenzgebieten zwischen verschiedenen Fächern der Medizin, Natur- und Ingenieurwissenschaften erzielt worden sind und an denen Vertreterinnen und Vertreter mindestens zweier Fachrichtungen mitgewirkt haben jährlich
  • Förderpreis “Altern und Arbeit”: Forschungspreis der Marie-Luise und Ernst Becker Stiftung für junge Forscher aus den unterschiedlichsten Fachbereichen, die sich im Rahmen ihrer Arbeit mit der physischen, psychischen oder kognitiven Leistungsfähigkeit und letztlich dem Erhalt der Arbeitsfähigkeit älterer Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer beschäftigen jährlich
  • Deutscher Studienpreis: Förderpreis der Körber-Stiftung für wissenschaftliche Arbeiten von besonderer gesellschaftlicher Bedeutung jährlich
  • Hans-Driesch-Wissenschaftspreis: Der Preis soll mutiges und innovatives, Disziplinen übergreifendes Denken auszeichnen. Es geht um den Willen, die Fähigkeit und den Mut von Forschern, mit neuen Ansätzen bestehende Paradigmen und eventuelle Denkblockaden zu hinterfragen und so auch Neuland zu betreten. jährlich
  • Preise der “berlin-brandenburgischen Akademie der Wissenschaften”: Mit ihren Preisen würdigt die Akademie herausragende wissenschaftliche Leistungen auf allen Gebieten. jährlich
  • Foundation Prince of Asturias: Awards: Each award is endowed with 50.000 euro. There are the following categories: Social Sciences, Communication and Humanities, Technical and Scientific Research jährlich
  • Right Livelihood Award: The Award honours and supports those offering practical and exemplary answers to the most urgent challenges facing us today. It has become known as the Alternative Nobel Prize. jährlich
  • Internationale Stiftung Preis Balzan: Förderpreis der Alexander von Humboldt-Stiftung für junge Nachwuchswissenschaftler/innen aller Disziplinen zur Finanzierung einer eigenen Arbeitsgruppe an einer deutschen universitären oder außeruniversitären Forschungsinstitution eigener Wahl. jährlich
  • Sofja Kovalevskaja-Preis: Förderpreis der Alexander von Humboldt-Stiftung für junge Nachwuchswissenschaftler/innen aller Disziplinen zur Finanzierung einer eigenen Arbeitsgruppe an einer deutschen universitären oder außeruniversitären Forschungsinstitution eigener Wahl. alle 2 Jahre
  • DFG Kopernikus-Preis: Förderpreis der DFG und der Stiftung für die polnische Wissenschaft (Fundacja na Rzecz Nauki Polskiej, FNP) für herausragende Verdienste eines polnischen und eines deutschen Wissenschaftlers um die deutsch-polnische wissenschaftliche Kooperation, insbesondere im Bereich der Nachwuchsförderung. alle 2 Jahre
  • DFG Heinz Maier-Leibnitz-Preis: Preis der DFG an Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler in Anerkennung für herausragende Leistungen. jährlich
  • DFG Communicator-Preis: Wissenschaftspreis des Stifterverbandes für die Deutsche Wissenschaft für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die sich in hervorragender Weise um die Vermittlung ihrer wissenschaftlichen Ergebnisse in die Öffentlichkeit bemüht haben jährlich
  • DFG Gottfried Wilhelm Leibniz-Preis: Arbeitsbedingungen herausragender Spitzenforscherinnen und -forscher zu verbessern und ihre Forschungsmöglichkeiten zu erweitern jährlich
  • Schering Preis: Der Schering Preis ist mit 5.000 Euro dotiert und wird jährlich von der Schering Stiftung verliehen. Seit 2009 können alle drei Berliner Universitäten Kandidaten für den Schering Preis, mit dem die beste Promotion im Fach Chemie ausgezeichnet wird, vorschlagen. jährlich
  • Max-Planck-Forschungspreis: Der Max-Planck-Forschungspreis 2014 wird im Bereich der Natur- und Ingenieurwissenschaften zum Thema „Quantum Nano Science“ verliehen jährlich
  • Alfried Krupp-Förderpreis für junge Hochschullehrer: Das Förderangebot richtet sich an Natur- und Ingenieurwissenschaftler, deren Befähigung zu Forschung und Lehre durch die Erstberufung auf eine zeitlich unbefristete oder befristete Professur (W2- oder W3-Professur) an einer wissenschaftlichen Hochschule in der Bundesrepublik Deutschland bestätigt worden ist. jährlich

Natural Sciences

  • Annette Barthelt-Preis: Preis ist für Nachwuchswissenschaftler/innen in der Meeresforschung jährlich
  • Hans G. A. Hellmann-Preis für Theoretische Chemie: Preis für hervorragende wissenschaftliche Leistungen aus dem Gesamtbereich der Theoretischen Chemie an jüngere Nachwuchswissenschaftler(innen) (i.a. nicht über 40 Jahre), die noch keine Lebenszeit-Professur innehaben und die der deutschsprachigen Forschungslandschaft verbunden sind jährlich
  • Ernst Haage-Preis: Förderung von Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler, die im breiten Feld der chemischen Energiekonversion forschen jährlich
  • Werner und Inge Grüter-Preis für Wissenschaftsvermittlung: Preis für hervorragende Arbeiten auf naturwissenschaftlichen Gebieten unter Bevorzugung von Evolution, Paläontologie, Meeresbiologie, Botanik und Kosmologie, die das Ziel haben, wissenschaftliche Ergebnisse über die Grenzen ihrer jeweiligen Disziplinen hinaus einer breiteren Öffentlichkeit bekannt zu machen jährlich
  • Rudolf-Kaiser-Preis: Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses auf dem Gebiet der Experimentalphysik jährlich
  • DFG Bernd Rendel-Preis: Förderpreis der DFG für junge, nicht promovierte Diplom-Geowissenschaftlerinnen und Geowissenschaftler aus den Bereichen Geologie, Mineralogie, Geophysik, Marine Geowissenschaften, Geodäsie jährlich
  • Ingrid zu Solms-Wissenschaftspreis für Naturwissenschaften: Förderpreis von der Goethe-Universität Frankfurt für Frauen, die in den Fächern Informatik, Mathematik und Physik arbeiten und eine richtungweisende, wissenschaftliche Originalarbeit vorweisen können alle 2 Jahre
  • Hamburger Wissenschaftspreis: Auszeichnung für exzellente Forschungsleistungen, Ansporn für zukünftige wissenschaftliche Arbeit und Aufmerksamkeit für ihr Forschungsgebiet. Der Hamburger Wissenschaftspreis 2015 wird dem Thema “Nanowissenschaften” gewidmet sein. alle 3 Jahre
  • Egon Stahl Award: The Egon-Stahl-Award in Gold is the highest scientific honour of the Society for Medicinal Plant and Natural Product Research (GA). alle 3 Jahre

Life Sciences

  • Adumed Forschungspreis: Forschungsarbeiten auf dem Gebiet der Herz-Kreislauferkrankungen jährlich
  • August Wilhelm und Lieselotte Becht-Forschungspreis: Preis der Deutschen Stiftung für Herzforschung für eine wissenschaftlich hochwertige und zugleich patientennahe Forschungsarbeit auf dem Gebiet der Herz-Kreislauf-Krankheiten jährlich
  • Wilhelm P. Winterstein-Preis: Förderpreis der Deutschen Herzstiftung für Forschungsarbeiten auf dem Gebiet der Herz-Kreislauf-Erkrankungen, bevorzugt aus einem patientennahen Forschungsbereich jährlich
  • AFOR-Wissenschaftspreis: Arbeiten aus klinischer oder experimenteller Forschung auf dem Gebiet der Orthopädie und Traumatologie jährlich
  • Alzheimer-Forschungspreis: Forschungspreis der Hans und Ilse Breuer-Stiftung für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die zu entscheidenden Fortschritten in der Alzheimer-Forschung oder ähnlichen Demenzerkrankungen beitragen jährlich
  • Dr. Lothar Beyer Preis: Deutscher Forschungspreis für Allgemeinmedizin jährlich
  • Michael-Jäger-Preis der GOTS: Preis der Gesellschaft für Orthopädisch-Traumatologische Sportmedizin (GOTS) für herausragende wissenschaftliche Leistungen, um aktuelle sportmedizinische Erkenntnisse und richtungsweisende Technologien bei der Entwicklung therapeutischer Verfahren umzusetzen. alle 2 Jahre
  • Felix Burda Award: Felix Burda Stiftung zeichnet die erfolgreichsten, innovativsten und herausragendsten Projekte und Leistungen auf dem Gebiet der Darmkrebsvorsorge aus jährlich
  • Care-for-Rare Wissenschaftlerpreis: Förderung von jungen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern, die ein Forschungsprojekt im Bereich der seltenen Erkrankungen initiieren jährlich
  • Eva Luise Köhler Forschungspreis: Förderung von Projekten durch die Eva Luise und Horst Köhler Stiftung für Menschen mit Seltenen Erkrankungen in enger Kooperation mit der ACHSE, welche einen wichtigen Beitrag zur Verbesserung von Diagnostik, Prävention, Therapie, Basisressourcen oder zur Ursachenforschung bei seltenen Erkrankungen leisten jährlich
  • Cesar Preis: Preis für Wissenschaftler aus Präklinik oder Klinik für herausragende Arbeiten im Bereich der translationalen Forschung zur Entwicklung antitumoraler Wirkstoffe alle 2 Jahre
  • DGPPN-Preise: Mit insgesamt neun eigenen Preisen unterstützt die Deutsche Gesellschaft für Psychiatrie und Psychotherapie, Psychosomatik und Nervenheilkunde herausragende Arbeiten und Projekte im Bereich Psychiatrie und Psychotherapie. jährlich
  • Paul Ehrlich und Ludwig Darmstaedter Preis: Forschungspreis für herausragende Wissenschaftler im Bereich der biomedizinischen Forschung, insbesondere der experimentellen und Chemotherapie, Blutforschung, klinische Bakteriologie, Immunologie und Krebsforschung jährlich
  • Paul Ehrlich und Ludwig Darmstaedter Nachwuchspreis: Forschungspreis für promovierte Nachwuchswissenschaftler/innen, die an einer Forschungseinrichtung in Deutschland herausragende Leistungen auf dem Gebiet der biomedizinischen Forschung erbracht haben jährlich
  • Eppendorf Award For Young European Investigators: Preis honoriert auf molekularbiologischen Methoden beruhende herausragende Leistungen junger Wissenschaftler/innen auf dem Gebiet der biomedizinischen Forschung jährlich
  • Preise der Deutschen Röntgengesellschaft: Förderung der Wissenschaft auf dem Gebiet der Radiologie jährlich
  • Preise der DGTHG: Die Deutsche Gesellschaft für Thorax-, Herz- und Gefäßchirurgie vergibt jährlich Preise und Stipendien jährlich
  • Preise der DGHO: Preise in den Fachgebieten Hämatologie und Onkologie für herausragende Arbeiten in der Grundlagenforschung der Deutschen Gesellschaft für Hämatologie und Medizinische Onkologie jährlich
  • Preise der DGMS: Wissenschaftspreise für eine herausragende wissenschaftliche Arbeiten in der Massenspektrometrie im Bereich der Biowissenschaften der Deutschen Gesellschaft für Massenspektroskopie jährlich
  • Heinrich-Finkelstein-Preis: Preis der Norddeutschen Gesellschaft für Kinder- und Jugendmedizin (NDGKJ) für eine hervorragende deutschsprachige oder englischsprachige wissenschaftliche Arbeit aus einem Gebiet der klinischen oder experimentellen Pädiatrie jährlich
  • Förderpreis für die Herz-Kreislauf- und Gefäßforschung bei Diabetikern: Preis der Stiftung “Der herzkranke Diabetiker” für Forschungsarbeiten von Ärzten und Wissenschaftlern, aber auch von Patienten- und Laienorganisationen, im experimentellen, klinischen und bevölkerungsmedizinischen Bereich, die sich Problemlösungen im Sinne der Stiftung widmen jährlich
  • Forschungspreis der Peter und Traudl Engelhorn-Stiftung: Förderung einer hervorragenden wissenschaftlichen Nachwuchsforscherpersönlichkeit im Bereich der LifeSciences (Biochemie, Molekularbiologie und Zellbiologie unter Einschluss von neuen Methoden auf diesen Gebieten) alle 2 Jahre
  • Ursula M. Händel-Tierschutzpreis: Der Preis wird an Lebenswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler vergeben, die durch ihre bisherigen Arbeiten oder durch ihre wissenschaftlichen Planungen zu den Zielen der Vermeidung von Schmerzen oder Leiden von Tieren beitragen. jährlich
  • BMELV-Tierschutzforschungspreis: Forschungspreis zur Förderung methodischer Arbeiten mit dem Ziel der Einschränkung und des Ersatzes von Tierversuchen jährlich
  • Hannelore Kohl Förderpreis: Originalarbeiten aus den Bereichen der klinischen und experimentellen Forschung und Entwicklung zu folgenden Schwerpunktthemen werden berücksichtigt: Diagnostische und therapeutische Verfahren in der Neurorehabilitation Schädelhirnverletzter, Prävention von Schädelhirnverletzungen, Versorgungsforschung zur Lage von Menschen mit Schädelhirntraumen alle 2 Jahre
  • Deutsche Gesellschaft für Immunologie: Preise der Deutschen Gesellschaft für Immunologie an ihre Mitglieder (z.B. Promotionspreis, Postdoktorandenpreis etc.). jährlich
  • Lilly-Quality of Life Preis: Förderung von Forschungen zum Thema gesundheitsbezogene Lebensqualität jährlich
  • Hans und Blanca Moser Förderungspreis: Förderung auf dem Gebiet der translationellen Krebsforschung und kardiologischen Forschung jährlich
  • Nachwuchspreis für „Experimentelle Neurologie“: Förderung von grundlagenwissenschaftlichen Arbeiten aus dem Bereich der experimentellen Neurologie mit neuroinflammatorischen, neurodegenerativen oder neurovaskulären Fragestellungen jährlich
  • Oskar-Medizin-Preis: Die Stiftung Oskar-Helene-Heim fördert die Wissenschaft und Forschung auf dem Gebiet der Medizin jährlich
  • Ferdinand-Sauerbruch-Forschungspreis: Anerkennung und Förderung herausragender wissenschaftlicher Arbeiten jüngerer Chirurgen (Assistenten und Oberärzte) jährlich
  • Ingrid zu Solms-Wissenschaftspreis für Medizin: Förderpreis von der Goethe-Universität Frankfurt für Frauen, die in der Medizin arbeiten und eine richtungweisende, wissenschaftliche Originalarbeit vorweisen können auf dem Gebiet der Grundlagenforschung der klinischen Medizin oder der ärztlichen Psychotherapie alle 2 Jahre
  • Preis für Tropenmedizin: Preis der Deutschen Gesellschaft für Tropenmedizin und Internationale Gesundheit e.V. (DTG) zur Förderung jüngerer Wissenschaftler auf dem Gebiet der Tropenmedizin und der internationalen Gesundheitswissenschaften jährlich
  • Jürgen-Wehland-Preis: Auszeichnung des Helmholtz-Zentrums für Infektionsforschung für exzellente Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftler mit infektionsbiologischem Forschungsschwerpunkt jährlich
  • Adolf-Windorfer-Preis: Forschungspreis für eine herausragende Arbeit auf dem Gebiet der Forschung und Therapie der Mukoviszidose jährlich
  • Wissenschafts- und Kreativpreise der deutschen Hochdruckliga: Förderung von Forschung, Diagnostik und Therapie der Hypertonie jährlich
  • Young Investigator Awards for Research in Clinical Microbiology and Infectious Diseases: 2 Awards for research in the fields of Clinical Microbiology and Infectious Diseases to recognise outstanding research by younger colleagues jährlich
  • [MTZ-Award für Systembiologie] (http://www.mtzstiftung.de/die_mtz_awards__projekte/mtz_award_fuer_systembiologie/aufruf_mit_frist_14022014/): Nationaler Nachwuchs-Förderpreis der MTZstiftung (in Zusammenarbeit mit dem BMBF und dem PTJ) für herausragende Dissertationsarbeiten junger Nachwuchswissenschaftler auf dem Gebiet der medizinisch orientierten Systembiologie alle 2 Jahre

Engineering

  • Hermann-Appel-Preis: Förderpreis der Ingenieurgesellschaft Auto und Verkehr GmbH für Studenten, Diplomanden und Doktoranden, welche in den Themenbereichen Elektronikentwicklung (Antriebselektronik, Fahrzeugelektronik, Telematik/Infotainment, Soft- und Hardwareentwicklung, etc.), Antriebsstrangentwicklung (Diesel- und ottomotorische Verfahren und Konzepte, Getriebeentwicklung, alternative Antriebe, etc.) und Fahrzeugentwicklung (Komfort, Simulation, Sicherheit, Testing, Design, etc.) herausragende Leistungen erbracht haben jährlich
  • Bertha Benz-Preis: Förderpreis für junge deutsche Ingenieurinnen, die eine hervorragende Promotion in Deutschland abgeschlossen haben jährlich
  • Der Software-Engineering-Preis: Preis der Ernst-Denert-Stiftung für eine hervorragende Arbeit aus dem Gebiet der Methoden, Werkzeuge und Verfahren der Softwareentwicklung jährlich
  • Forschungspreis Technische Kommunikation: Forschungspreis der Alcatel-Lucent Stiftung für herausragende wissenschaftliche Leistungen im Themenkreis „Mensch und Technik in Kommunikationssystemen” jährlich
  • AlfredKärcher-Förderpreis: Honorierung von wissenschaftlichen Arbeiten, die einen herausragenden Fortschritt auf dem Gebiet der Reinigungstechnik darstellen jährlich
  • f-cell Award – Innovationspreis Brennstoffzelle: Prämiert werden anwendungsnahe Entwicklungen aus dem Innovationsfeld Brennstoffzelle. Eingereicht werden können Entwicklungen sowohl aus mobilen, portablen und stationären Einsatzgebieten der Brennstoffzelle. jährlich

That’s it.

Anything that I forgot to mention?

denyhosts: remove!

Anyone of you using denyhosts? It works quite well, but I regularly need to remove some false positives. Manually. And that sucks.

Manually removing an IP

To remove a false positive you need to remove the IP from the following files:

  • /etc/hosts.deny
  • $DENYHOSTS/hosts
  • $DENYHOSTS/hosts-restricted
  • $DENYHOSTS/hosts-root
  • $DENYHOSTS/hosts-valid
  • $DENYHOSTS/users-hosts

with $DENYHOSTS being the working directory of denyhosts, in Debian’s case it is /var/lib/denyhosts/. Open every file, search for $IP, remove the line. As soon as you have a few users that do not get used to using SSH keys this workaround gets annoying quite quick..

Fortunately, there are scripts!

The scripty way

Here is the script:

#!/bin/bash

if [ -z "$1" ]
then
    echo "give me an ip"
    exit 1
fi

echo Removing $1 from denyhosts tables
WORK_DIR=/var/lib/denyhosts/
IP=`echo $1 | sed 's/\./\\\\./g'`
service denyhosts stop
eval "sed -i /$IP/d /etc/hosts.deny"
eval "sed -i /$IP/d ${WORK_DIR}hosts"
eval "sed -i /$IP/d ${WORK_DIR}hosts-restricted"
eval "sed -i /$IP/d ${WORK_DIR}hosts-root"
eval "sed -i /$IP/d ${WORK_DIR}hosts-valid"
eval "sed -i /$IP/d ${WORK_DIR}users-hosts"
service denyhosts start

Just call it passing the IP address as an argument. Also available as bf-denyhosts-remove from my apt repo.

You’re welcome :)

node? No such file or directory..

I just wanted to install some software that uses NodeJS, but that failed with the following error:

/usr/bin/env: node: No such file or directory

I’ve been sure I installed NodeJS from the repository, so I had a look at the build script of the software that I was about to install. It started with:

#!/usr/bin/env node

As I just discovered, the debian package providing NodeJS installs the binary as:

$ dpkg -L nodejs
/.
/usr
/usr/bin
/usr/bin/nodejs
[...]

You see, on my system the NodeJS binary is called nodjs, not node (as assumed by the tool I wanted to install). Easy to work around this problem: Just create a link to nodejs and call it node:

ln -s /usr/bin/nodejs /usr/local/bin/node

I installed the link to /usr/local/bin/node because that’s also in my $PATH and won’t conflict with other software that might provide /usr/bin/node..

Useful git stuff

Setup

Configure some stuff before you can get started:

# which name do you want to see in your commits?
git config --global user.name "Martin Scharm"

# which email do you want to use
git config --global user.email martin@dev

# tell git which gpg key to use by default
git config --global user.signingkey E81BC3078D2DD9BD

# always push all branches and all tags
git config --global --add remote.origin.push '+refs/heads/*:refs/heads/*'
git config --global --add remote.origin.push '+refs/tags/*:refs/tags/*'

Aliases

Global aliases are stored in ~/.gitconfig. I’m using the following aliases:

# beautify the log: list actions of last 14 days in a tree like view
git config --global alias.lg "log --all --pretty=format:'%x09%C(bold blue)%an%Creset%x09%Cred%h%Creset %Cgreen%ad%Creset%x09%s%d' --graph --date=short  --since='14 days ago'"

# serach for a particular thing in the history
git config --global alias.search "log --all --pretty=format:'%x09%C(bold blue)%an%Creset%x09%Cred%h%Creset %Cgreen%ad%Creset%x09%s%d' --graph --date=short -m -i -G"

# shortcut for the status
git config --global alias.s "status -s"

# shortcut for commiting
git config --global alias.c "commit -a"

# shortcut for checkout
git config --global alias.co "checkout"

# shortcut for pulling and pushing
git config --global alias.d "pull origin --all --tags"
git config --global alias.u "push origin --all --tags"


# diff two commits using meld
git config --global alias.meld "difftool -d -t meld"

Jump around the git tree

  • HEAD always points to you current position in the tree.
  • You can always checkout old commits or branches using git checkout XXX, with XXX being a commit hash or a branch name
  • Branch names are pointers to commits. If you’ve checked out a branch and do a commit the branch pointer will move on to your new commit.
  • You can address commits relatively using ^ (go one up in tree) and ~X (go X up in tree), eg.
    • git checkout master~2 Makefile checkout the file Makefile from the second last commit before master
    • git checkout master^^ get the third last commit on branch master

Move a branch

If you want the branch mybranch to point to target you just need to call the following command:

git branch -f mybranch target

You forced mybranch to point to target. target may be a commit hash or a branch name (any ref git can resolve into a commit).

Track down a bug using cherry-pick

Let’s assume you have a history such as

master: init -> c1 -> ... -> c6

and you discovered a bug in commit c6, you would probably intruduce a lot of echos/prinlns/etc to detect the bug. Afterwars you need to get rid of all these debugging things and commit just the fix.

But it’s ways easier using cherry-pick. Just create a bugfix branch. Do all your debugging stuff in there, find the bug and do another commit (commits db1 to db3). Finally, fix the bug and commit it with db4:

master: init -> c1 -> ... -> c6
                              \
                               \
bugfix*:                       db1 -> db2 -> db3 -> db4
                                ^add echo/println    ^bug fixed

You can then simply checkout the master and use cherry-pick to append the commit db4 to it, which fixes the bug in the master branch without all the debugging stuff. Git’s cherry-pick will apply commits from anywhere in the tree onto HEAD (as long as that commit isn’t an ancestor of HEAD). Here are the git commands:

git checkout master
git cherry-pick db4

And your final graph would look like:

master*: init -> c1 -> ... -> c6 ------------------------> db4'
                               \                        /
                                \                      /
bugfix:                         db1 -> db2 -> db3 -> db4
                                 ^add echo/println    ^bug fixed

Of course, your commit hashes are a bit more complex than c6 and db4, but I hope you got the idea :)

Modifying an old commit

Let’s assume you have a history such as

master: c4 -> c5 -> c6

and you forgot to do something in c5. Then you can reorder the last two commits using git rebase -i HEAD^^ --aboveAll to receive the following:

master: c4 -> c6 -> c5

now change the last commit using git commit --amend and you’ll end up with:

master: c4 -> c6 -> c5'
               \
                \
                 c5

Finally, just reorder the last two commits using git rebase -i HEAD^^ --aboveAll:

master: c4 -> c5' -> c6

You can achieve the same with less reordering using git’s cherry-pick. Just checkout the commit c to modify and modify it to c' (using --amend). Afterwards, you can cherry-pick all commits that came after c.

Further Resources

  • Learn about branching/merging/rebasing/detaching/etc in an interactive tutorial from pcottle.
  • Learn about undoing things in git, including redoing a commit, resetting a git add and unmodifying a file.

Goodmorning jekyll!

As you can see, I left WordPress and moved to jekyll! Even if I really like the name, discarding WordPress was on my schedule for quite some time.

Why leaving?

The main reasons for leaving WordPress:

  • I always wanted to get rid of the whole overhead: admin interface, database connection, all the javascript stuff that slows the browser… All not necessary for just publishing some words…
  • I do not like software that calls home without asking me. Sure, it’s convenient for some people, but I hate such a behavior. And it makes me skeptic. No idea what is transferred exactly, but I’m almost sure they have my mail address..

There are some more reasons, but those two were sufficient to make me move.

Where to go?

Recently, Micha pointed me to jekyll. Jekyll is a software to generate websites. You can simply write your stuff using MarkDown and jekyll will build your page. Jekyll is really very simple. The generated page is static. And Jekyll is blog-aware.

I of course had a look at some other static-page-generators, but jekyll indeed seems to be the most convenient (and maybe sophisticated?) software.

But how?

Basically, building a jekyll blog is dead easy.

Install jekyll

You need to have ruby and ruby-dev installed, the just call:

gem install jekyll

Not you can create a new website using

jekyll new my-site

And you’ll find a directory structure as explained on their website. You can also just clone a git repository to get a start. There are also plenty of themes out there.

Start publishing

A bit trickier than installing: You need to think.. ;-)

Posts go to _posts and should always be named YYYY-MM-DD-identifier.md. They always have a preamble (so-called front matter) which looks like:

layout: post
title: Your title goes here.

But that’s it. Now you can start writing. Read more about posting.

Pages just live in the root of your jekyll instance. They will just be copy-translated. Thus, if you create a file about.html in the root jekyll will just translate included markdown and then copies it to your-site.com/about.html.

But how2?

Yes, of course, I didn’t want to start from scratch. So I was looking for tools to convert my WordPress stuff to markdown for jekyll. That was more or less successfull. There are tons of approaches. But non of them really met my needs. So I decided to extend on of those and forked a php-based wordpress-to-jekyll converted from davidwinter.

After a few commits the converter now exports posts, pages, and comments. It also distinguishes between published and draft. And downloads the attachments. Just give it a try and tell me if you experience any trouble.

Comments

You’re right. Comments on a static page is a bit contradictory. But not impossible.. ;-)
I saw some blogs using the crap of Disqus and Facebook and stuff. Not my world, obviously..

But there is also a static comment pluglin for jekyll. I forked it to implement my changes. I do not need the PHP stuff, to submit a comment for my blog you can use one of the following three options. I will then decide whether I’m going to include the comment in my blog. I guess that is the ultimate way to fight Spam..

Submit a comment

  • Send me an email with your comment. Do not forget to mention the article you want to comment. And optionally include a website and a name to sign the comment.
  • I am maintaining a feedback site. It is meant to receive feedback in general, for presentations, for my work, code, for the coffee that I serve to guests. Stuff, precisely. It is also available through the TOR network, so you can make sure you’re really anonymously. You can use this website to also create comments. Every page contains a link submit a comment through the feedback page, which brings you to that page. Just make sure to mention the article, and if you want me to give you the credits also add include your name and a mail address; and optionally a website.
  • You can simply fork the blog’s repository and create a comment yourself in the _comments directory. Just have a look at the other comments. Send me a pull request and I’ll have a look at it :)

Images

Converting images from WordPress was a bit trickier. There they use code similar to this:

[caption id="attachment_XXX" align="alignXXX" width="XXX" caption="XXX"]<a href="XXX"><img src="XXX" alt="XXX" title="XXX" width="XXX" height="XXX" class="size-thumbnail wp-image-XXX" /></a> XXX[/caption]

However, in jekyll you do not have the whole environment by default. After some searching I stumbled across a solution. Eventually, my wordpress-to-jekyll converter substitues these environments with

{ % include image.html align="alignXXX" url="XXX" img="XXX" title="XXX" caption="XXX" % }

and _includes/image.html (see GitHub) creates something that’s similar to the caption environment of WordPress. Some more CSS and everything worked like a charm! :)

I think that’s it for the moment. Moving to jekyll was not that difficult. And I now have a static website that’s hopefully changing from time to time…

gem installation fails? update gcc!

Just wanted to install a ruby package using gem. However, I’m not a ruby dev and it took me a while to work around a certain problem with gem..

I wanted to install the Effing Package Management:

% gem install fpm
Building native extensions.  This could take a while...
ERROR:  Error installing fpm:
        ERROR: Failed to build gem native extension.

    /usr/bin/ruby2.1 extconf.rb
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
        --with-opt-dir
        --without-opt-dir
        --with-opt-include
        --without-opt-include=${opt-dir}/include
        --with-opt-lib
        --without-opt-lib=${opt-dir}/lib
        --with-make-prog
        --without-make-prog
        --srcdir=.
        --curdir
        --ruby=/usr/bin/ruby2.1
        --with-ffi_c-dir
        --without-ffi_c-dir
        --with-ffi_c-include
        --without-ffi_c-include=${ffi_c-dir}/include
        --with-ffi_c-lib
        --without-ffi_c-lib=${ffi_c-dir}/lib
        --with-libffi-config
        --without-libffi-config
        --with-pkg-config
        --without-pkg-config
/usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:456:in `try_do': The compiler failed to generate an executable file. (RuntimeError)
You have to install development tools first.
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:541:in `try_link0'
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:556:in `try_link'
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:642:in `block in try_ldflags'
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:635:in `with_ldflags'
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:641:in `try_ldflags'
        from /usr/lib/ruby/2.1.0/mkmf.rb:1762:in `pkg_config'
        from extconf.rb:15:in `<main>'

extconf failed, exit code 1

Gem files will remain installed in /var/lib/gems/2.1.0/gems/ffi-1.9.6 for inspection.
Results logged to /var/lib/gems/2.1.0/extensions/x86_64-linux/2.1.0/ffi-1.9.6/gem_make.out

Especially line 35 drove me insane: You have to install development tools first. That made me think I need to install more *-dev stuff. Took me some time to find out that there was a problem with gcc! Turns out that gcc version 4.8.3 (Debian 4.8.3-13) (gcc -v) wasn’t able to build the package for me. So I installed gcc version 4.9.1 (Debian 4.9.1-19) and everything worked like a charm. :)